Geschichtliches:
1555
König Ferdinand I. befiehlt am 4. April, dass der kleinere der beiden Vorschläge von Jörg Ebert (Ravensburg) ausgeführt werden solle. Am 4. Mai erteilt die Regierung zu Innsbruck Ebert den Auftrag, mit der Arbeit "aufs ehist" zu beginnen.
Im März 1557 wird vermeldet, dass Ebert "noch bißher gar nicht angefangen". Man befürchtet, er werde "seines selzamen Kopffs halben" womöglich "dz Werckh nit gar verrichten" und erwägt, sich an den (nicht namentlich genannten) Erbauer der Orgel von Stift Stams zu wenden. Im November des gleichen Jahrs beginnt Ebert mit der Arbeit vor Ort.
Die Jahreszahl 1558 im Klaviaturrahmen lässt darauf schließen, dass der Orgelbau in diesem Jahr schon verhältnismäßig weit fortgeschritten war.
Nach dem ursprünglichen Plan sollten das Hauptmanual und die Pedalklaviatur mit F beginnen. Ebert fügte jedoch "der Römisch Kaiserlichen Majestät [Ferdinand I. war ab 1556 Kaiser] zu underthenigstem gefallen" noch die drei Töne C, D und E hinzu.
1559 war der Gehäusetischler mit seinen Arbeiten noch weit im Rückstand, so dass man ihn mit Gefängnis bedrohte.
1561
Die oberösterreichische Kammer berichtet am 7. Juni dem Kaiser, die Orgel sei fertig, von Organisten und Cantores "geschlagen, besungen unnd probiert" und "seinem Verding gemeß, nuzlich, unnd guett gemacht unnd [...] an der Prob gerecht befunden worden".
1606
war Georg Gemelich (Innsbruck) mit "Renovierung und Machung etlicher neuren Sachen" an der Orgel tätig.
1629
renovierte Leopold Rotenburger (Salzburg) die Orgel.
1655
erneuerte Daniel Herz (Brixen) zusammen mit seinem Gesellen Jacob Köck die acht Bälge.
1701
wurde die "vellig ruinierte Orgl" von Johann Caspar Humpel (Wilten) "außgepessert und gleich samb von neyen gemacht". Hierfür wurde die Orgel zumindest teilweise in Humpels Werkstatt verfrachtet. Für die Dauer der Arbeit stellte Humpel eine 16-registrige neue Orgel in der Kirche auf.
Humpel erweiterte lt. Vertrag vom 21. Juni 1700 die Manualumfänge auf 45 Töne und ersetzte die wurmstichigen alten Bälge durch sechs neue, was auch einen neuen Windkanal nötig machte.
1748
führte Ignaz Franz Wörle (Bozen) eine größere Reparatur aus.
1772
reparierte Johann Ev. Feyrstein (Kaufbeuren) die Orgel.
1800/01
nahm der Orgelmacher [Joseph (II)] Fuchs (Innsbruck) eine "gänzliche Aufrichtung der Hoforgel" vor.
1838 und 1839
arbeitete Johann Georg Gröber (Innsbruck) in zwei Schüben an der Orgel. 1838 ersetzte er die sechs Bälge durch drei größere neue. 1839 nahm er die "Herstellung einer sehr hart vermißten achfüßigen Copel in das Rückpositiv" vor. Beide Arbeiten hatte er bereits in seinem Angebot von 1836 vorgesehen. Auch der Mitbewerber Mathias Mauracher (Zell am Ziller) wollte für die Copl "durch Herausnahme zweier unnothwendiger" Register Platz schaffen. Das Rückpositiv stand also bis in das 19. Jahrhundert hinein auf 4'-Basis; damit ist die These, das 8'-Register sei bereits 1701 wegen der Generalbasspraxis eingebaut worden, hinfällig. An der Prüfung der fertigen Arbeit durch die Landesbaudirektion war auch der Franziskanerorganist P. Peter Singer beteiligt.
1848
reparierte Gröber die Orgel erneut. Nach Aufstellung eines Instruments auf dem Brückenchor im Jahre 1861 wurde die Ebert-Orgel nicht mehr benutzt.
1884-85
Restaurierung des Gehäuses, der Malereien und der Vergoldung unter der Leitung von Johann Deininger, Direktor der Staats-Gewerbeschule Innsbruck. Die vom Abbruch bedrohte Orgel war längst unspielbar (u.a. fehlten die Bälge und die Pedalklaviatur) und zu einem unbekannten Zeitpunkt auf der Außenseite der Flügeltüren mit einem weißen Kalkanstrich versehen worden. Auch die Tafelbilder an der Brüstung und am Orgelfuß hatte man mit Poliment überstrichen. An die Stelle der zunächst freigelegten, dabei aber stark beschädigten Gemälde auf den Flügel-Außenseiten (auf den großen Flügeln: Anbetung des Jesuskinds duch die Hirten; auf den Rückpositiv-Flügeln: Auferstehung und Himmelfahrt Christi) traten neue Temperabilder des akad. Malers Anton Fölsch als Nachbildungen. Da diese "zu sehr das Ansehen des Neuen hatten", ließ sie Deininger durch den Maler Vincenz Leicht-Lychdorff überlasieren.
1944
Anfang Februar: Abbau und Bergung der Orgel zum Schutz vor Kriegsschäden durch Josef Mertin zusammen mit Wilhelm Zika jun. (Ottensheim) und Franz (IV) Reinisch (Steinach a. Br.). Die Teile wurden in der Kapelle von Rotholz eingelagert.
In der Orgel fehlten damals die beiden Zungenstimmen, desgleichen Hörnndl und Ziml im Rückpositiv (1839 durch Copl 8' ersetzt) sowie Hörnndl im Hauptwerk, an dessen Stelle eine hölzerne Flöte 4' getreten war. Als nicht originales Register fand sich in der Orgel zusätzlich ein Subbass 16'. Diese drei Holzregister wurden ausgeschieden.
1954-62
Erster Anlauf zu einer Restaurierung der Orgel durch Hubert Neumann (Götzis), jedoch ohne Ergebnis. Nach dem plötzlichen Tod von Neumann (10.1.1962) Einlagerung der Orgelteile in Schloss Ambras (August 1962).
1965-70
Nach Erteilung des Auftrags für Restaurierung und Wiederaufbau an die Orgelbauwerkstatt Ahrend & Brunzema (Loga) erster Abschnitt der Restaurierungsarbeiten mit Spielbarmachung der Orgel.
1973 Restaurierung der Innenbilder der Flügeltüren durch Herbert Szusich.
1975-77
Zweiter Abschnitt der Restaurierung durch Jürgen Ahrend. Restaurierung der Gehäusefassung durch Erwin Schwenniger (Seefeld) und der Tafelbilder durch Eugen Ilten (Wien). Die Flügel-Außenseiten erhielten einen neutralen Anstrich.
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